De grondlegger van de homeopathie, Samuel Hahnemann, was niet alleen arts, scheikundige en taalkundige maar bovenal wetenschapper. Als arts paste hij alleen die methode toe die zich in de praktijk bewezen had. In zijn tijd was deze onderzoeksmethode revolutionair. De meeste artsen uit de 18e eeuw volgden klakkeloos hun leermeesters in de toepassing van - niet zelden zeer schadelijke - therapieën.

Hahnemann gaf alleen geneesmiddelen die hij zelf had beproefd en waarvan hij dus uit eigen ervaring de werkzaamheid kende. Ook nu nog worden homeopathische geneesmiddelen vaak eerst getest bij gezonde proefpersonen. Deze onderzoeken worden provings genoemd. De resultaten van deze geneesmiddelproeven leveren belangrijke gegevens op, over de mogelijke geneeskrachtige werking van de geneesmiddelen. Daarbij wordt de 'Similia-wet' toegepast: een geneesmiddel dat bepaalde ziekteverschijnselen veroorzaakt bij een gezonde proefpersoon, kan bij een zieke met dezelfde verschijnselen genezend werken, ongeacht de oorzaak. Bijvoorbeeld: een homeopathisch geneesmiddel dat van een ui is bereid (allium cepa) kan soms helpen bij verkoudheid of hooikoorts met tranende ogen en loopneus. In de klinische praktijk moeten de bevindingen uit de provings worden bevestigd. Zo is in de loop der eeuwen een scala van geneesmiddelen ontstaan waarmee de homeopathisch arts werkt. Al deze informatie is vastgelegd in repertoria (gerangschikt per symptoom) en materia medica (gerangschikt per geneesmiddel).

Tegenwoordig is al deze informatie in electronische versie beschikbaar en wordt voortdurend aangepast op grond van nieuwe ontwikkelingen. Het moderne wetenschappelijk onderzoek bij homeopathie wordt gepubliceerd in gerenommeerde tijdschriften en voldoet aan de eisen voor medisch onderzoek.